История начинается со свидания главной героини Ичиго Мономия /Ichigo Momomiya/ и Аояма /Masaya Aoyama/ в музее вымирающих животных. Происходит землетрясение и Ичиго попадает в сказочный сон. Позже Ичиго знакомится с Ryou Shirogane и Keiichiro Akasaka, которые рассказывают, что её ДНК “соединилось” с ДНК животного из Красной Книги, и что она приобрела особые способности, что бы защищать Землю от пришельцев - Kish, Tart, Pie и их лидера Deep Blue – который решил “перевоспитать” Землю. Пришельцы могут управлять медузоподобными паразитами, которые, инфицировав животных, превращают их в монстров именуемых Химерами. Главная героиня сражается под псевдонимом Mew Ichigo, но она не одна — она находит четырёх других девушек, таких как она, они становятся подругами и называют себя Tokyo Mew Mew.